A gyomorfekély kialakulásának legfőbb oka a Helicobacter pylori nevű baktérium, amely a gyomor nyálkahártyájában élősködik. Emellett a gyomorfekély kialakulását elősegíthetik olyan tényezők is, mint a stressz, a dohányzás, az alkoholfogyasztás és a gyomorban lévő savas ürítés túlzott termelődése. Bizonyos gyógyszerek, például a szteroidok, az NSAID-ok és a véralvadásgátlók is növelik a gyomorfekély kialakulásának kockázatát.
